Fen Bilimleri Enstitüsü, 1993 yılında üniversitemizin kuruluş yasası ile birlikte kurulmuştur.
Enstitümüzde,
• Fen Bilimleri alanında:
Fizik, İstatistik, Kimya, Matematik, Moleküler Biyoloji ve Genetik, Matematik ve Fen Bilimleri Eğitimi,
• Mühendislik alanında:
Biyomedikal Mühendisliği, Elektrik-Elektronik Mühendisliği, Gıda Mühendisliği, Harita Mühendisliği, İnşaat Mühendisliği, Jeoloji Mühendisliği, Kimya Mühendisliği, Maden Mühendisliği, Makine Mühendisliği, Malzeme Bilimi ve Mühendisliği, Metalurji ve Malzeme Mühendisliği, Otomotiv Mühendisliği, Yenilenebilir Enerji Sistemleri,
• Disiplinlerarası alanda:
Bilgisayar, İş Güvenliği (Tezsiz 2. öğretim), İnternet ve Bilişim Teknolojileri Yönetimi (Uzaktan Eğitim), Nanobilim ve Nanoteknoloji Anabilim dallarında yüksek lisans eğitimi yürütülmektedir.
Doktora Programları:
Fizik, Gıda Mühendisliği, Harita Mühendisliği, İnşaat Mühendisliği, Kimya, Maden Mühendisliği, Makine Mühendisliği, Malzeme Bilimi ve Mühendisliği, Matematik, Metalurji ve Malzeme Mühendisliği, Moleküler Biyoloji ve Genetik, Otomotiv Mühendisliği ve Jeoloji Mühendisliği. Enstitümüzde 2019 yılı itibariyle toplam; 548 tezli yüksek lisans, 128 tezsiz yüksek lisans ve 113 doktora öğrencisi olmak üzere toplam 789 öğrenci öğrenimini sürdürmektedir. Kurulduğu yıldan Mayıs 2019 tarihine kadar enstitimüzden, 74 doktora, 1.401 tezli yüksek lisans, 1.196 tezsiz yüksek lisans olmak üzere toplam 2.681 öğrenci mezun olmuştur.